La Educación Escolar Básica (EEB) es obligatoria y gratuita en las escuelas de gestión oficial en las comunidades indígenas atendidas por las Supervisiones 18-33 y 18-37. La EEB comprende nueve grados y se imparte a niños de 6 a 14 años de edad. Este nivel se divide en tres ciclos de tres años de duración cada uno:

- Primer ciclo (1º, 2º y 3º grado)
- Segundo ciclo (4º, 5º y 6º grado)
- Tercer ciclo (7º, 8º y 9º grado)

La Constitución Nacional reconoce la existencia de los pueblos indígenas, definidos como grupos de culturas anteriores a la formación y organización del Estado paraguayo, y les otorga derechos como la salud, la educación, la identidad y la participación.

La diversidad lingüística y cultural de estos pueblos es respetada mediante la inclusión de materiales y enseñanzas en el idioma nativo durante la EEB. El primer ciclo de la educación escolar básica se imparte a nivel aldeano, con maestros indígenas de manera bilingüe y con contenidos biculturales. Por razones logísticas, a partir del segundo ciclo se centraliza el proceso de educación formal. El tercer ciclo se ofrece en 17 de las 53 instituciones supervisadas por la Supervisión 18-33 y Supervisión 18-37.